ナビゲーション的には便利なFRAMEですが、SEO的にはマイナス要素が多いと言えます。
それは、サーチエンジンが様々なウェブサイトを巡回（クローリング）してサイト構成を把握、蓄積していくのですが、
１ページが複数のページで構成されているFRAMEでは、クローリングが正常にできない場合があるのです。
また、FRAMEを使用したSEOスパムというものがあり、そのスパムを回避する策が無い為、
サーチエンジンがFRAMEを使っているウェブサイトの評価を正当に判断してくれない為という事もあります。
これらのサーチエンジン側としての要素とは別に、根本的な使い方のマイナス面もあります。
基本的にFRAMEは１ウィンドウで簡潔する為のものなのに、
FRAME内にページを表示せず、新しいウィンドウを何枚も開かせるデザインで組まれたウェブサイトも見かけます。
これでは理想的なFRAMEの使い方とは言えません。
FRAMEを使用しているウェブサイトは、使わないデザインに切り替えた方が、SEO的には無難です。